马蹄寺位于肃南裕固族自治县境内祁连山麓之间，是一处庞大的石窟寺院建筑群。在石壁上有从北凉时期至今千年以来凿刻的多个石窟佛像，还有高层的石窟寺院建筑，非常的奇幻壮观。这里既有汉传佛教的寺院，又有藏传佛教殿宇，同一地方风格不同，十分独特。寺院里还有天马蹄印、元代壁画、佛像等众多的传说古迹，非常值得前来参观。

马蹄寺现在对外开放的是其北寺，景区面积较大，内部纵深约有3-4公里，除了山间遍布开凿的众多佛像洞窟外，主要值得参观的地点有千佛洞、格萨尔王殿、三十三天佛窟等区域。几大区域之间距离有几公里，适合开车一一游览。一般游览马蹄寺多为自驾（私家车可以进入景区，停车费约5元），而前往马蹄寺的班车也会在千佛洞和三十三天等区域分站停靠一下，待乘客游玩过后再前往下一地点，所以均可乘车游览。游玩马蹄寺几大佛窟约需3小时左右。

马蹄寺景区的山门位于北侧，从山门进入寺区后，道路两侧的石壁上便有众多凿刻出来的佛像、佛塔等石窟，非常壮观。岩壁上还有很多洞穴，传说是历代高僧洞中苦修的场所。

大概前行几百米便来到第一个观光地点，千佛洞区域。千佛洞是一座汉传佛教寺院，这里的僧侣着装和寺院建筑也都是汉传佛教的风格。依山凿有多个佛殿，内部还有沿着石壁直接凿出的众多佛像，可以一一参拜。其中药师佛等个别佛殿需要在石壁中凿出的黑暗通道里攀爬而行，要注意安全。

游览千佛洞后继续前行，会到达一个岔路口，左侧通向格萨尔王殿，右侧则是三十三天佛窟。可以先去参观格萨尔王殿，然后再前往三十三天区域。格萨尔王殿建在一座长条形的山里，这条山也叫做龙头山。小殿穿山而建，两个出入口像是龙的两只眼睛一样。进入殿内可以看到藏族传说中的英雄格萨尔王的彩绘塑像，还有他的嫔妃和手下十八名大将的塑像，在店内参观之后沿着另一个门出去即可。

最后来到的是三十三天佛窟区域，这里有藏佛殿、马蹄殿和三十三天佛洞几个佛殿。这一带是藏传佛教寺院，可以看到典型的颜色鲜艳的藏传佛教建筑和佛像。首先是巨大的藏佛殿，高约十几米，是寺内最大的单独佛殿，里面有一些佛像的遗址和元代的壁画等古迹，原来的藏佛殿非常壮观，可惜在建国后的各次运动中毁坏的也很严重，这里只能根据遗址缅怀一下。马蹄殿内则供有宗喀巴大师等塑像和十八罗汉，最为重点的是马蹄殿地上的马蹄印，传说是天马留下的印记，也是马蹄寺名称的由来。

位于马蹄殿旁边的三十三天佛洞是马蹄寺最主要的建筑，沿山开凿了七层阶梯式建筑光在外面观看拍摄就十分壮观。走进佛洞，沿着内部昏暗的阶梯一层层向上，可以看到众多的古老佛像，不过也有大多数被破坏的遗址。另外，在石窟内远望外面的祁连山脉风光，远处的草原、山坡开阔优美，也是难得的美景。佛殿的最高层有僧人居住礼佛，可以在此上香朝拜（每人10元），另外，顶层旁边的求子观音殿在当地传说也十分灵验，每年都有远近地区众多信众前来求子，可以前去一观。

在三十三天佛窟区域游玩之后便可驱车返回寺院山门离开，另外，在三十三天佛窟外面有一处购物集中地，有参观、纪念品商店和小卖部等，价格稍高于外面，不过在此简餐一下还是可以接受的，可以考虑用餐。

离开景区后，附近的草原上是裕固族的聚居地，现在有很多的民俗风情园，进入后可以体验吃羊肉、喝青稞酒、观看裕固族的传统歌舞等民俗项目，不过有的价格实惠，有的却十分昂贵，体验之前需要提前订好每一项的价钱。