南佐遗址现存9处大型夯土台基，北部1处大型建筑一号基址已发掘。一号基址为地面建筑基址，长方形，长33．5、宽18．8米。三面有夯筑木骨墙。房址中央有东西向隔墙，将房址分为两部分，墙体开三个宽1．6米的门道，通连前后，形成前堂后室结构。后室近隔墙有大灶，墙上抹草拌泥，并经烧烤。房址地面为白灰面。房外有散水台，台外还有排水沟，台、沟均经烧烤。在一号房基周围分布着若干小型房址。

南佐遗址发现的大型建筑基址，结构宏伟，与秦安大地湾大型建筑基址相近，表明它是泾、渭地区又一处高等级的中心遗址，对研究中国仰韶文化的社会形态具有重要历史价值。